DNA Chisel 驱动 · 无需注册 · 开源免费

OpenCodon.自定义密码子优化平台

底层调用 DNA Chisel 序列优化框架，支持内置 70,467 个物种、500+ 酶切位点、自定义密码子频率表上传，以及 FASTA / GenBank / SnapGene / Excel 结果下载。

70467 个物种 >500 个酶切位点自定义频率表开源免费

开发者联系邮箱：yaoyao@wujie-tech.com

备注：欢迎反馈该密码子优化工具的使用建议！

1输入序列

下载 Excel 示例

输入序列支持 FASTA 或纯序列，自动识别 DNA / 蛋白质

长度: 0 bp 类型: 未知 GC含量: 0%

上传

点击或拖拽文件至此处上传

支持 .txt / .fasta / .fa / .gb / .dna / .xlsx 格式

2自定义密码子频率表

如有特定物种的密码子使用频率表，可直接上传，无需选择内置物种。

下载空白模板下载示例频率表

上传用户自定义密码子表 CSV/TSV，字段与小程序模板一致

3宿主物种

收录 70,467 条物种 TaxID 信息

拉丁名搜索

TaxID 查询

输入物种名会自动搜索；输入 TaxID 后可点击“查询”或按回车。

常用物种

或从列表选择

已选择物种: | TaxID: |

二级表达宿主可选：穿梭载体场景下，序列同时兼顾两个宿主的密码子偏好（二级宿主权重为一级宿主的 0.3 倍）

密码子表数据源 CoCoPUTs 更新更全，推荐

4核心参数

起始密码子

终止密码子

GC含量范围 (%) 推荐 35%-65%，兼顾表达与合成

优化区域

固定位置（不优化）逗号分隔的密码子位置序号，如 10,25,40 表示第10/25/40位密码子保持原序列

5方法与阈值

优化方法

优化模式:

稀有密码子阈值 (%) 参与稀有密码子替换，并用于结果统计

10%

6酶切位点设置 (>500 种)

常用场景可不填

需避免的酶切位点

暂未选择

需保留的酶切位点

暂未选择

支持单个输入自动匹配或批量输入（逗号/分号/空格分隔，回车确认）；未匹配到的酶名会给出提醒。后台库含 500+ 酶切位点。

7高级设置

展开/折叠高级参数▲

表达权重 (Boost) 值越高越偏向高表达，值越低越偏向低合成难度，推荐 2.0

2.0

避免发卡结构

发卡茎长 (bp) 茎区最小匹配长度

发卡窗口 (bp) 搜索发卡的窗口大小

Poly-A 上限

Poly-T 上限

Poly-C 上限

Poly-G 上限

k-mer 唯一化

k-mer 值唯一化窗口大小

含反向互补

GC 窗口大小 (bp)

最大迭代次数

固定随机种子 (保证可重复)

随机种子值留空则使用默认123

自定义避免序列逗号分隔，如 GATC,AAAAAA

完成上方必要信息后提交，结果会在下方展示并可下载。

结果优化结果与下载

报告

尚未提交优化任务

完成参数设置后点击“开始优化”查看结果

解读优化指标科学解读

CAI ⓘ

0.000

越接近 1 越好

CPB ⓘ

0.000

平衡度指标

GC 含量 ⓘ

优化后

稀有密码子数 ⓘ

越低越好

终止密码子检测 ⓘ

正常

内部/末端

原始序列 (0 bp)

优化后序列 (0 bp, 差异 0 位)

#	氨基酸	原始密码子	优化后密码子	CAI	使用频率	状态

合成基因合成服务

常州卡纳基因提供高通量、低成本基因合成服务。优化完成后可直接下单合成。

3000bp 以内 ¥0.35 / bp

下单在线下单

在线下单模块已迁移至“基因合成下单及进度查询”页面，可在同一页面完成下单与进度查询。

立即下单

说明关于 OpenCodon

OpenCodon.自定义密码子优化平台底层调用 DNA Chisel，对目标序列进行约束优化和目标优化，可结合宿主密码子偏好、GC 范围、限制性酶切位点、同聚物和发卡结构等条件生成优化序列。

平台内置 70,467 个物种信息、500+ 酶切位点，支持用户上传自定义密码子频率表；无需注册即可使用，定位为开源免费的科研辅助工具。

技术支持: yaoyao@wujie-tech.com